期刊论文

Cloning, space-time expression and bioinformatics analysis of ACS3 gene from different species of Lonicera macranthoides

Liu, X.-D.

中文

中草药

0253-2670

2019

50

9

2154-2164

10.7501/j.issn.0253-2670.2019.09.022

国家自然科学基金资助项目(81673546) 国家自然科学基金资助项目(81203007) 中央引导地方科技发展专项资金项目(2017XF5044) 湖南省自然科学基金资助项目(2017JJ3237) 湖南省教育厅资助科研项目(16B193) 湖南省科技厅重点研发项目(2017SK2124) 国家中医药管理局中药标准化项目(ZYBZH-Y-HUN-24) 湖湘中药资源保护与利用2011协同创新中心项目(湘教通[2015]351) 湖南中医药大学中药学一流学科项目(校行科字[2018]3号).

本校为第一机构

目的 分别克隆灰毡毛忍冬野生型与湘蕾型ACS3基因,并进行生物信息学和表达模式分析.方法 筛选灰毡毛忍冬转录组数据库中与ACS蛋白同源性较高的Unigene序列,设计引物,利用实时荧光定量PCR (qRT-PCR)及RACE技术对该Unigene进行全长克隆;用生物信息学软件分析蛋白的理化性质、结构域和同源性等特性;借助qRT-PCR检测1-氨基环丙烷-1-羧酸合酶(ACS3)基因在不同品种、不同花期灰毡毛忍冬中表达模式.结果 从灰毡毛忍冬野生品种及湘蕾品种中分别克隆得Lm-ACS3 (GenBank:MH724196)及Lm-XL-ACS3 (GenBank:MH724197),开放阅读框长度均为1 452 bp,编码483个氨基酸,包含保守的Aminotran_1_2结构域,与其他植物的...

Objective To clone ACS3 gene from wild type and ‘Xianglei’ cultivar of Lonicera macranthoides, respectively, followed by bioinformatics analysis and detection of spatio-temporal expression pattern. Methods Unigene sequence which is highly homologous with ACS protein from the transcriptome database of L. macranthoides was screened, the primers were designed based on it to amplify the full length of the Unigene by qRT-PCR and RACE techniques; Bioinformatics tools were used to analyze and identify the physicochemical property, conserved domain a...