期刊论文

Improved Dynamic PPI Network Construction and Protein Function Prediction Algorithm

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计算机工程

1000-3428

2020

46

12

52-59

10.19678/j.issn.1000-3428.0056545

国家重点研发计划(2017YFC1703306) 国家社会科学基金重点项目(17AZD037) 湖南省自然科学基金青年项目(2019JJ50453) 湖南省自然科学基金面上项目(2018JJ2301) 湖南省科技厅重点项目(2018JJ2301) 湖南中医药大学开放基金(2018JK02)。

本校为其他机构

构建可靠的动态蛋白质网络是提高蛋白质未知功能预测和蛋白质复合物识别性能的关键,然而现有蛋白质网络构建和功能预测方法普遍存在鲁棒性低、预测精度不足等问题。为此,设计改进的动态蛋白质网络构建算法。采用进化图对蛋白质相互作用进行建模,基于蛋白质的活性周期将整个蛋白质网络划分为多个时间片的动态子网,在各个子网内部依据蛋白质之间的连接强度确定相互作用关系,从而得到一个全局的动态蛋白质网络。在此基础上,通过考查未知功能蛋白质邻居节点功能注释情况的差异,提出基于功能关联得分或神经网络的功能预测算法IPA-PF。在多个公开生物数据集上的实验结果表明,IPA-PF算法的查全率、查准...

How to construct a reliable dynamic protein network is one of the key problems that affect the prediction of unknown protein functions or the recognition of protein complexes.However,the existing protein network construction methods and function prediction methods generally have low robustness and low prediction accuracy.Therefore,this paper proposes an improved dynamic protein network construction algorithm.In this paper,protein-protein interactions are modeled based on the evolutionary graph,and then the whole protein network is divided into dynamic subnets of multiple time slices based on t...