期刊论文

Screening of core genes and key microRNAs in the treatment of Helicobacter pylori related peptic ulcer by Scutellariae Radix and Coptidis Rhizoma

中文

天然产物研究与开发

1001-6880

2020

32

9

1456-1469

10.16333/j.1001-6880.2020.9.002

国家自然科学基金(81703920) 湖南省自然科学基金(2019JJ50442) 湖南省教育厅科学研究项目(19C1426) 湖南省大学生研究性学习和创新性实验计划(201908)。

本校为第一机构

本研究旨在应用网络药理学和生物信息学方法探讨黄芩-黄连药对(SRCR)治疗幽门螺杆菌(Hp)相关性消化性溃疡(PU)的分子网络调控机制,并筛选出其作用的核心基因和关键microRNA.首先通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索SRCR的主要活性成分和可能的作用靶点;从GEO数据库获取GSE70394基因表达谱数据,采用R软件对Hp感染人胃黏膜上皮细胞(GES)涉及差异表达基因(DEG)的芯片数据进行均一化处理,并绘制DEG火山图和聚类热图;再通过STRING数据库构建SRCR成分靶点与Hp感染人GES细胞DEG的蛋白交互网络;运用DAVID数据库对上述特征性基因进行GO功能和KEGG通路富集分析;然后利用Cytohubba筛选出SRCR治疗...

The aim of this study was to explore the molecular network regulation mechanism of Coptidis Rhizoma and Scutellariae Radix(SRCR)on treatment of Helicobacter pylori(Hp)associated peptic ulcer(PU)based on network pharmacology and bioinformatics methods,and to screen out the core genes and key microRNAs.Firstly,the main active ingredients and possible targets of SRCR were retrieved through the Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP).GSE70394 gene expression profile data was downloaded from the GEO database.The mi...