期刊论文

Bioinformatics Analysis on Gene Expression of Hippocampal CA1 in Alzheimer's Disease Patients at Different Stages

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世界科学技术-中医药现代化

1674-3849

2019

21

9

1791-1798

10.11842/wst.20190529004

国家自然科学基金委员会面上项目(81774129):基于“痰浊瘀血”理论从蛋白质异戊二烯化修饰探讨当归芍药散改善AD认知功能的机制,负责人:成绍武 湖南省科技厅湖南省自然科学基金青年项目(2019JJ50441):基于“痰浊瘀血”理论从AMPK调控线粒体自噬研究糖代谢紊乱影响AD认知功能的机制及当归芍药散干预作用,负责人:宋祯彦 湖南省教育厅优秀青年项目(18B246):基于网络药理学方法研究当归芍药散“柔肝健脾”的药效物质基础和作用靶点,负责人:宋祯彦。

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目的对不同阶段阿尔茨海默病海马CA1区差异表达的基因进行生物信息学分析以探究阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)发生的分子机制。方法从GEO数据库获取AD早期、中期、晚期基因芯片数据,筛选3个时期都具有的显著差异表达的基因,构建蛋白与蛋白相互作用(PPI)网络,利用cytoNCA获取关键基因并进行细胞实验验证,同时分析这些关键基因参与的主要生物学过程和信号通路富集程度,以探究其分子机制。结果从AD不同阶段的基因芯片(GSE28146)中筛选出在不同时期均出现差异表达的基因412个,使用STRING构建PPI网络关系,cytoNCA构建并结合网络拓扑分析,共筛选出关键基因12个,qPCR验证了芯片结果的准确性;G...

Objective To investigate the molecular mechanism of Alzheimer's Disease (AD) development by bioinformatics analysis which is based on the genome-wide expression profile in the hippocampal CA1 region of Alzheimer's disease at different stages.Methods Early-,middle-and late-onset AD gene chip data were obtained from the GEO database,and genes with significantly different expressions in the three levels were screened,the protein-protein interaction (PPI) network constructed.The key genes were obtained by cytoNCA and verified by cell experiments.Th...